Dimulai dari tekad membangun pengembangan masyarakat terkhusus pada generasi muda, dibuatlah sistem kedisiplinan semi pesantren di lingkungan Madrasah Tsanawiyah Miftahul Hayat ini, supaya masing-masing siswa selalu menjunjung tinggi akhlakul karimah di lingkungan belajar mereka, tak terkecuali di lingkungan tempat tinggal mereka masing-masing, hingga akhirnya terbentuklah Pondok tercinta ini.

Kiprah berdirinya Pondok Pesantren Al-Markaz tidaklah mudah dan instan, dibalik fasilitas dan lahan yang kita saksikan pada hari ini, terdapat banyak Cobaan tantangan untuk menuju sistem yang kokoh. Pesantren ini mesti mengikuti dan merespon tantangan, membangun danmereformasi sistem,juga beradaptasi dengan masyarakat sekitar dengan aneka latar belakang.

Di tahun 2015, Pondok Pesantren Al-Markaz di bawah naungan Yayasan Miftahul Hayat ini baru memiliki santri 6 orang yang bersekolah di Madrasah Tsanawiyah Miftahul Hayat yang notabene nonmukim, mereka mengaji didalam lingkungan pondok yang pada saat itu justru belum memiliki asrama pemondokan. Sedangkan dalam cita pendiri pondok telah terbayangkan kelak lahan di bukit kecil ini akan menjadi suatu kawasan pendidikan Islam modern dan berkembang.

Al-Markaz adalah nama dari sekian banyak nama yang jadi pilihan untuk pondok yang baru dicanangkan pada saat itu. Al-Markaz yang secara terminologi bermakna pusat atau sentral, diharapkan nanti bisa menjadi sentral kemajuan pendidikan Islam, sentral kemajuan peradaban, sentral kemajuan studi dan kajian-kajian pertanian bahkan di bidang-bidang lain.

Hingga saat pendiri pondok ini mengenyam pendidikan kepemimpinan pemberdayaan masyarakat dan agribisnis di negeri ginseng Korea Selatan pada tahun 2011 dan 2015, pendiri pondok akhirnya terilhami korelasi ide bagaimana menyatukan antara pendidikan, penerapan disiplin dan pengembangan masyarakat khususnya di bidang pertanian. Maka dibuatlah sistem dan kurikulum agribisnis yang dipadu dengan kurikulum kepondokan Kulliyatul Mu'allimin Al Islamiyah (KMI) Pondok modern Gontor dan Madrosatul Mu’allimin Al-Islamiyah (MMI) Daar el Qolam, dengan harapan kawasan Waringinkurung yang didominasi bidang pertanian ini kelak akan semakin berkembang pesat dan makmur serta melahirkan generasi muslim yang memiliki jiwa entrepreneur.

Dengan lahan milik yayasan dan wakaf, dibangunlah masjid sebagai bangunan awal Pondok pesantren Al-Markaz atas bantuan Qatar Charity, lembaga sosial dari negara Qatar, sebagaimana Rasulullah di fase hijrah ke Madinah membangun masjid pertama kali untuk memulai peradaban di kota Madinah Al-Munawaroh.Pondok pesantren pun akhirnya memiliki asrama dan fasilitas-fasilitas lain, demi memenuhi kebutuhan para santri. Pondok terus berkembang dengan dukungan dari keluarga, masyarakat, dan dukungan dari rekan alumni pondok pesantren Daar el-Qolam.

Bermodalkan tekad kuat dan doa, air mata perjuangan, niatan luhur mencetak generasi mda yang sholeh, teguh, disiplin, berakhlak, kreatif, cerdas dan senantiasa menebar manfaat di lingkungan sekitar. Dan tentu atas rahmat dan karunia dari Allah SWT, berdirilah Pondok pesantren Al Markaz ini.